1、來源：兩者都來源于酪蛋白（干酪素）。

　　2、獲取的方式：胰蛋白胨是酪蛋白經胰蛋白酶消化后，濃縮干燥而成的淺黃色粉末。 酪蛋白胨是酪蛋白經過不同的消化處理（不一定是胰蛋白酶消化，也可以是酸水解酪蛋白），而獲得的蛋白胨。

　　胰蛋白胨強調了該蛋白胨是用什么樣的方式得到的；酪蛋白胨強調了該蛋白胨的原料是酪蛋白至于用的什么方式要看具體廠家的產品說明來判定。

　　3、用途：胰蛋白胨常用于配制各種微生物培養基，廣泛用于細菌的培養、分離增殖、鑒定，以及無菌試驗培養基、厭氧菌培養基等細菌生化特性試驗用培養基的配制；酪蛋白胨如果是經過胰蛋白酶水解而成的，則和胰蛋白胨的用途相似，經酸水解的酪蛋白胨，較適合做白喉菌、百日咳菌、鏈球菌的毒素和鏈霉素菌的生長和藥敏試驗的材料。

　　蛋白胨(peptone) (狹義)是采用新鮮牛骨及牛肉混合提取，經過消化、過濾、濃縮、噴霧干燥而得到的一種淺黃色至類白色的干燥粉末。易溶于水，水溶液呈淡黃色。其不僅含有豐富的氨基酸，特別是含硫氨基酸較多，而且含有更多的細菌生長需要的維生素和其它生長因子。是生物制藥發酵及各種培養基制備的基礎原材料。在當中它起的主要作用是提供氮源。一般的用量為0.5%～5%能為微生物提供C源、N源、生長因子等營養物質。

　　胰蛋白胨是一種蛋白胨，是以新鮮牛肉和牛骨經胰酶消化，濃縮干燥而成的淺黃色粉末。具有色淺、易溶、透明、無沉淀等良好的物理性狀。含有豐富的氮源、氨基酸等，可配制各種微生物培養基，用于細菌的培養、分離、增殖、鑒定，以及無菌試驗培養基、厭氧菌培養基等細菌生化特性試驗用培養基的配置。胰蛋白胨還廣泛應用于高品質的抗生素、維生素、醫藥工業，氨基酸、有機酸、酶制劑、黃原膠等發酵工業，生化制品及微生物學科研等領域中。臨床用于抗炎消腫，工業上用于皮革制造，生絲處理，食品加工。在市場上，蛋白胨也屬于貨緊價昂的短線品種之一。